Ricavato all'interno della Villa voluta da Giovanni Maria Ciocchi Del Monte, eletto Papa col nome di Giulio III nel 1550, il Museo raccoglie gran parte dei materiali della civilta etrusca, rinvenuti durante le ricerche e le campagne di scavo o anche provenienti da collezioni private, come per esempio la ben nota Collezione Augusto Castellani ceduta nel gennaio del 1919 ed esposta, assieme ad altre, con nuove soluzioni dal dicembre del 1999. La grande quantita dei materiali e la loro varieta fanno del Museo uno dei migliori esempi di esposizione scientifica e didattica della cultura etrusca, dai primordi villanoviani alia conquista romana. Emergono per importanza e notorietà, il "sarcofago" degli Sposi, capolavoro della coroplastica ceretana della fine del VI secolo a.C.; il gruppo scultoreo con Apollo, Eracle ed Hermes che decorava la sommita del santuario di Portonaccio a Veio; le note lamine auree di Pyrgi, testimonianza fondamentale dei rapporti intercorrenti tra Caere e Cartagine intorno al 500 a.C., o, ancora da Pyrgi I'altorilievo frontonale proveniente dal tempio A e raffigurante un episodic del mito dei "Sette a Tebe", da poco restaurato e restituito nella sua integrale bellezza. La stessa villa, inoltre, e stata oggetto tra il 1998 e il 1999 di lavori di restauro architettonico che, a loro volta, hanno completato il progetto iniziato nel 1995 e "finalizzato al riordinamento scientifico ed alla riapertura di ampi settori del Museo, da anni chiusi al pubblico" (A.M. Moretti Sgubini, [a cura di], II Museo Nazionale Etrusco di Villa Giulia, Roma 1999).